Reprezentace
Wolfsburg
Anderlecht Brusel
1. FC Nürnberg
Slovan Liberec
1. FC Brno

Již letmý pohled do Honzových fotbalových statistik svědčí o tom, že s reprezentačním dresem měl bohaté zkušenosti už v juniorském věku. V jednu chvíli byl dokonce hráčem tří výběrů - dvacítky, jednadvacítky a jako osmnáctiletý nakoukl i do národního týmu pod vedením Jozefa Chovance, dalšího startu se dočkal pod stejným koučem o rok později. Na třetí start v áčku si však musel počkat - dokonce až do roku 2005, ale od té chvíle je stálým členem užšího kádru. Mezitím ale stačil vybojovat dvě medaile na ME do 21 let: v roce 2000 stříbro, o dva roky později zlato. Od roku 2005 je stálým členem národního týmu, s kterým se podíval i na MS 2006 a ME 2008. Po zranění na přelomu 2009/2010 se vrátil v jubilejním 50. reprezentačním startu brankou při výhře českého mužstva 4:2 nad USA.

V průběhu zimního transferového okna přestoupil Jan do Wolfsburgu, ale během jara ho čekaly především záchranářské práce. Wolfsburg se však zachránil a Polákova německá éra pokračuje dodnes.

V novém dresu se stal rychle oporou a už po roce se Anderlecht nechal slyšet, že jde nejdražšího hráče celého kádru a případné zájemce rovnou odradil astronomickým odstupným. Honza se mezitím vypracoval také v jednu z reprezentačních opor. Prvního belgického titulu se ale dočkal až v roce 2010, kdy se stačil po zranění kolene vrátit v závěru jara na trávník právě včas, aby mohl se svými spoluhráči zvednout nad hlavu mistrovský pohár. Na počátku roku 2012 se vydal zpět do Německa, vyslyšel volání ambicózního Wolfsburgu.

V bavorském klubu sbíral cenné první zahraniční zkušenosti a stačil se stát v roce 2007 po boku krajanů Tomáše Galáska a Marka Nikla vítězem Německého poháru. Po přestupu z Liberce zde sice podepsal smlouvu až do roku 2009, ale vábení zvučnějších zahraničních klubů hrajících evropské poháry bylo příliš lákavé. Po dvouletém angažmá zamířil znovu dále na západ - stal se hráčem Anderlechtu Brusel. 

Po čtyřech letech v prvoligovém dresu už jako vicemistr (2000) a mistr (2002) Evropy v kategorii do 21 let. Na severu Čech se stal postupem času výraznou oporou a česká liga mu začala být těsná. Hodně v té době o něj zabojoval Nürrnberg a jednadvacetiletý fotbalista zamířil do Bavorska, kde načal svou zahraniční kariéru.

S fotbalem začínal sice v nedalekých Bohunicích, ale už v deseti lety zamířil do Brna, kde se rychle přes mládežnické organizace propracoval až do prvního týmu. Díky své fyzické i mentální vyspělosti často hrával ve vyšší kategorii, a tak není divu, že už týden po 17. narozeninách nastoupil poprvé v první lize a současně ho využívaly různé juniorské výběry najednou.